Вы не указали ссылку на сайт, потому объективно говорить к сожалению не могу.
Подобные рекомендации заказчики слышат от меня не так уж редко в контексте "нужно переверстать тему" и т.д. Неоднократно попадал в ситуации, когда стоимость "доработок" превышала сумму, которую бы владелец отдал мне, если бы я верстал тему с нуля самостоятельно. Потому есть большая вероятность того, что "сделать сайт с нуля" - действительно рационально.
Я не думаю, что замена элементов в шапке требует обязательного сноса темы и верстки её заново. Будет чистой правдой утверждение, что как правило программисты не желают разбираться в чужом коде, особенно если его написал криворукий рукожоп. И возможно даже в том случае, если верстка темы "заново" - не обязательная - она целесообразна, поскольку позволит избавиться от лишнего и/или некорректного кода и/или заплаток, которые любят некоторые программисты навешивать поверху ets.
Как бы я поступил на вашем месте?
Сказал программисту примерно следующее: опишите преимущества, которые я получу после того, как работы будут выполнены. Пусть пишет список, пусть ставит цену. Вы выставите этот список здесь (желательно со ссылкой на ваш сайт). Если там все рационально - мы поддержим. Если программист просто хочет заработать лишнюю звонкую монету - будет повод посмеяться всей толпой над этим не очень хорошим человеком.
