Нужно настроить конфигурацию Nginx для работы приложения по принципу работы Yii2
При обращении по адресу /admin/ корневой становилась папка /backend/web/ и если файл реально не существует переадресация была на /backend/web/index.php и только он обрабатывался PHP_FPM и в него передавались все параметры.
В других случаях / корневой становилась папка /frontend/web/. Принцип аналогично 1-му.
Есть "почти" готовый скрипт, но он почему то работает только при обращении в корень.