Написать софт для флешки

 В качестве альтернативы - предлагаю за сумму оплаченную исполнителю стереть "нестираемый" раздел;)

По факту, то вам нужно смотреть в сторону аппаратных токенов.

я имел ввиду что накопитель должен иметь аппаратную защиту, иначе остальное будет не эффективно. Упоминаемая вами защита через управления контролером снимается любым человеком который умеет пользоваться гуглом, но домохозяйки к таковым не относятся. Так то я не знаю ваших конечных задач и целей, но думаю вам нужно что то типа eToken NG-FLASH. Справедливости ради ее тоже можно снять, но это требует более высокого понимания вопроса.