Здравствуйте, Роман.
Подскажите, а какая функциональность конфигурации 1С WMS-Логистика Вам нужна? А то конфигурация напичкана всякими "вкусняшками" для автоматизации одного склада, но вот вопрос - нужно ли Вам все это? И самое главное - нужно ли городить интеграцию с УТП, если может оказаться, что проще в рамках УТП реализовать недостающую Вам функциональность?
А если все-таки рассматривать интеграцию, то скажите, что Вы подразумеваете под словом "интеграция"? Какими данными должны обмениваться базы? Какая база должна быть первичной для каждого вида данных? Базы будут находиться в рамках одной сети или связь через ИНет?
В-общем, в Вашем проекте, только сбор требований, планирование работ и оценка проекта может занять до 1 месяца трудозатрат. А сами работы еще от 1-2 месяцев до пары лет могут занять.
Поэтому, все-таки хорошенько подумайте - а нужна ли Вам отдельная складская программа? И если придете к выводу, что нужна, то подготовьте ответы на приведенные выше вопросы.